Alla morte di questi, avvenuta presumibilmente nel 1347 a.C., suo diciassettesimo anno di carica faraonica e seguita da un effimero, misterioso sovrano (Semenkhkara), il giovane salì al trono e vide avvenire rapidi e traumatici cambiamenti: subito il potere passò nelle mani dei sacerdoti di Amon, che restaurarono la religione politeistica e riportarono la capitale a Tebe.

Segni evidenti a riguardo vengono anche attestati dalla famigerata "Stele della Restaurazione", rinvenuta nel tempio di Luxor.

L'editto faraonico, direttamente attribuito allo stesso Tutankhamon, recita:

"Questo paese era tormentato dal male.
Il santuario degli Dei andava in rovina.
Gli Dei hanno disdegnato il Paese.
Ho pregato gli Dei e le Dee di aiutarmi, ma loro non mi hanno ascoltato.
Ho lavorato assiduamente per riconquistarli.
Quando sono arrivato ho trovato i templi distrutti, i luoghi sacri profanati e i cortili coperti di erbaccia.
Ho ricostruito i loro santuari, ho rinnovato i templi e ho reso loro molti preziosissimi doni.
Ho innalzato le statue degli Dei in oro e in oro-argento, le ho addobbate con lapislazzuli e con molte pietre preziose."

Si doveva riconquistare la fiducia e la benevolenza degli dei messi al bando da Akhenaton.
Infatti, a causa della gestione approssimativa del periodo amarniano, l'Egitto versava in serie difficoltà.
L'economia ed i raccolti stentavano, l'impero esteso a partire da Thutmosis III s'era disgregato per le continue pressioni di Libici ad ovest e principalmente da Hittiti, Mitanni e nomadi Israeliti a nord-est.
Il faraone eretico, oltre a non difendere i confini, aveva anche trascurato impegni di diplomazia estera, perdendo di fatto l'appoggio di numerose città satelliti ed alleate.

C'era bisogno di un nuovo corso.
Il nome del faraone mutò simbolicamente in TutankhaMon, in onore del ritorno al dio spodestato: Amon-Ra tornava ad essere la più grande divinità di Tebe e del paese intero. Il fanciullo, ad appena 9 anni, non solo fu portato via da Amarna alla volta di una dimensione tebana a lui sconosciuta, ma fu relegato consequenzialmente a figura di secondo piano, gestita dai suoi tre ministri-tutori.
Essi governavano in sua vece a tutti gli effetti:

- Ay, il primo di questi, era già stato visir (primo ministro) durante il regno di Akhenaton ed ora, in età avanzata, è innegabile come potesse avere delle spiccate capacità "politiche". Molto probabilmente era uomo camaleontico, pronto ad adattarsi, sfruttando a proprio favore gli eventi politici, al punto di divenire successivamente egli stesso faraone, a completamento di una scalata durata una vita intera. Il suo regno durò appena 2 anni.

- Horemheb, supremo comandante dell'esercito ed istruttore militare del faraone. Anch'egli diverrà sovrano, succedendo ad Ay ed avviando di fatto la XIX dinastia.

- Maiah, ministro delle finanze, custode e gestore delle ricchezze del faraone, quotidianamente a stretto contatto col sovrano.

{mospagebreak}Dunque, di queste eminenti ed influentissime figure della corte, ben due su tre divennero faraoni, esaudendo aspirazioni che covavano già da tempo ed aspettando il momento opportuno per realizzarle.
Tutankhamon, allora, potrebbe esser stato assassinato, divenendo vittima designata di una corsa al potere che serpeggiava alle sue terga?
Che, forse, sia stato necessario ucciderlo non appena giunto ad un'età matura, in cui manifestava delle intenzioni indipendenti e pericolosamente non congrue ai dettami dei tutori che aveva al fianco?
Certe analisi ed associazioni in un primo momento han fatto ipotizzare questo, ma successive verifiche hanno, almeno, fatto vacillare l'iniziale certezza a riguardo.
Nulla resta da escludere, comunque.

Non sono da trascurare i forti sospetti riguardanti la fretta con cui si volle seppellire il giovane faraone. Quando Howard Carter, nel novembre del 1922, col suo picchetto cominciò a scalfire l'intonaco della parete con cui la tomba fu precedentemente chiusa, profanando un silenzio che ne dominava l'interno da almeno 3500 anni, non solo fu sbalordito dalle immense ricchezze lì presenti, ma anche da come l'elevato numero d'oggetti, utensili e suppellettili che sarebbero serviti al faraone nel suo viaggio nell'aldilà fossero stati sistemati alla rinfusa, lasciati lì, disposti senza la minima parvenza d'ordine o criterio come da qualcuno che avesse avuto molta, molta fretta.

Anche il processo d'imbalsamazione dev'esser stato molto frettoloso, al punto da non esser portato a termine del tutto correttamente: il corpo, infatti, risulta piuttosto danneggiato dall'eccesso d'unguento applicato sulla salma. Che dire, poi, anche del sarcofago non pulito dalle tracce di resina rappresa al suo esterno e degli schizzi di colore in certe aree degli affreschi murali? Tutte imperfezioni che, senza l'incalzare della fretta, sarebbero state evitate, o quanto meno rimosse.

Risulta lampante la presenza di raffigurazioni e di ornamenti su oggetti che, oltre a testimoniare l'avvenuto ritorno alla religione politeistica, illustrano il faraone ancora devoto al culto di Aton. La testimonianza più eclatante è offerta da un magnifico trono d'oro sul cui schienale viene raffigurata l'inconfondibile sacra icona dell'Aton, che irradia con i suoi benevoli raggi la giovane coppia reale.
Che valore attribuire a tutto ciò?

La prima ipotesi riporta che Tutankhamon, pur abbracciando il ritorno alla religione politeistica, fosse in qualche modo, allo stesso tempo, anche legato al culto del padre Akhenaton, conservandone evidenti retaggi.

Essa, tuttavia, non sembra percorribile: perché mai i sacerdoti di Amon, acerrimi avversari del culto dell'Aton e letteralmente inviperiti per il precedente, quasi ventennale, periodo Amarniano, che li aveva visti di fatto spodestati, avrebbero acconsentito di buon grado alla presenza di tali oggetti nell'ambito di una cerimonia funebre legata al loro credo ortodosso?

Una seconda, più semplicistica teoria, ne spiegherebbe la presenza in qualità di oggetti legati all'infanzia del faraone e quindi, facenti parte a tutti gli effetti delle sue proprietà in vita. A discreditarla c'è la troppo schiacciante testimonianza del succitato trono: la coppia è già raffigurata in qualità di faraone e regina, già non più bambini (presumibilmente in pieno periodo di ripristino tebano) e con tanto di cartigli atti a cingere i loro nomi in segno d'avvenuta consacrazione regale.

Resta una terza alternativa, anche se non esente da irrisolte lacune: in realtà, il giovane faraone sarebbe stato sepolto con un corredo funerario inizialmente non suo, ma a lui adattato. Ulteriori indizi che possono corroborare questa ipotesi sono ravvisabili nella calotta di lino, posta sul capo di Tutankhamon, su cui è raffigurato ancora il simbolo dell'Aton; con delle bende che cingono la salma, su cui è stato rinvenuto stranamente il cartiglio del suo immediato, effimero predecessore Semenkhkara.

E' stata anche notata una sospetta saldatura dietro la famosa maschera funeraria d'oro (custodita al museo del Cairo), che ne farebbe ipotizzare un'iniziale attribuzione alla tomba di Akhenaton o Semenkhkara, per esser, poi, utilizzata per la successiva sepoltura del giovane re, riadattandone i lineamenti del volto.

Sarebbe, invece, da accantonare il dibattito sulle esigue dimensioni della tomba, clamorosamente non in linea con i canoni di tutte le altre sepolture regali.
Si è pensato che inizialmente fosse stata costruita per un alto, importante funzionario di corte (forse lo stesso Ay) e solo successivamente adattata al giovane faraone, a causa della fretta per tumulazione.
Perché, allora, essa sarebbe comunque sita nella Valle dei Re, nel bel mezzo di tutti gli altri faraoni predecessori e successori e non, in quanto tomba privata di funzionario, tra le altre scavate in un differente luogo, nelle pendici vallive di una vasta area sita a Tebe Ovest, in località oggi note come "Dra Abu El Naga", "Assasif", "Sheikh Abd el-Qurn", "el-Khokha"?

Tutto sommato, la spiegazione più plausibile sarebbe di considerare la costruzione della tomba attribuibile allo stesso Tutankhamon fin dall'inizio e forzatamente ultimata in modo incompleto, a causa della sua morte imprevista. Ricordiamo che i faraoni erano soliti provvedere ai propri luoghi di sepoltura anche a partire dai primi anni di regno, al fine di assicurarsi che fossero ultimati in tempo.

Dunque, se la sepoltura del faraone fosse stata effettivamente eseguita in modo frettoloso, a cosa sarebbe da attribuire?

- Alla prematura morte del re, che in sostanza aveva sorpreso la corte al cospetto d'un evento del tutto prematuro ed imprevisto?

- Che, forse, Tutankhamon fosse stato vittima di una congiura di palazzo e successivamente sepolto in tutta fretta per archiviare l'evento e metter a tacere ulteriori sospetti che potessero porre i responsabili a rispondere del proprio misfatto?

- La pressante, caotica, difficile situazione che ancora attanagliava le antiche due terre, sia all'interno, che all'esterno dei confini, aveva, forse, catalizzato gioco-forza l'attenzione della corte, degli alti funzionari e dei sacerdoti, a tal punto da considerare la tumulazione del faraone sostanzialmente un evento di secondo piano, relegata a prassi da archiviare nel minor tempo possibile?

Bene, prove che il faraone non godesse di piena salute sono fornite da radiografie alla colonna vertebrale, dalle quali si ravvisa la possibilità che Tutankhamon fosse affetto dalla sindrome di Klippel Feil, una rara anomalia congenita che ne preclude la mobilità alla parte superiore.

A quei tempi, come per altri casati reali nel corso della storia (ricordiamo l'emofilia che affliggeva i Romanov di Russia, ad esempio), anche le famiglie dei faraoni erano aduse a sancire unioni successorie tra soggetti con stesso sangue. Inevitabili, quindi, conseguenze ed anomalie per la salute dei nascituri. L'ipotizzata sindrome di Marfàn attribuita ad Akhenaton, la sua unione con la figlia maggiore Merytaton (dopo la scomparsa di Nefertiti) ed il fatto che siano stati rinvenuti nel sepolcro di Tutankhamon due feti mummificati (insuccessi di gravidanze interrotte rispettivamente al quinto e all'ottavo mese ed attribuibili sicuramente alla coppia reale) corroborano questa tesi.

A tal proposito, come ignorare i circa centotrenta bastoni da passeggio che Howard Carter rinvenne all'interno della tomba di Tutankhamon. Alcuni di essi mostravano evidenti segni d'usura. Che dire, poi, di una raffigurazione in cui il faraone si regge in piedi proprio appoggiato ad un bastone, nell'atto di ricevere un fiore da Ankhesenamon?

Si resta dubbiosi, comunque, su come un'ipotetica malattia, contraddistinta da un suo probabile decorso (al punto da esser anche raffigurata), abbia potuto cogliere la corte così di sorpresa ed impreparata al cospetto di una consequenziale morte.

Difficile, invece, inserire in questo contesto la particolare forma allungata del cranio: essa sembra più essere una caratteristica anatomica della famiglia reale, oppure, in alternativa, dovuta all'abitudine dei reali che solevano fasciare il capo dei neonati in segno di distinzione.

Si dia il caso fosse un'usanza presso i Mitanni, giunta in Egitto grazie proprio ad un ceppo di queste genti, insediatosi pacificamente a quei tempi proprio nella zona di Tel el-Amarna.