Le aree pianeggianti, dal suolo fertile e ricche di risorse naturali grazie alle inondazioni annuali del fiume, favorirono il concentrarsi degli insediamenti umani nella valle del Nilo, delimitata sia a est sia a ovest dal deserto, che la protesse per lungo tempo dalle invasioni. Sappiamo, da ritrovamenti archeologici, che già nel Paleolitico vi erano insediamenti lungo la valle del Nilo e che dall'età del Bronzo (che ebbe inizio nella regione attorno al 4000 a.C.) fino agli inizi dell'Antico Regno le popolazioni indigene cominciarono a espandersi e a fondare piccoli villaggi.
Divenute dunque sedentarie, esse si dedicarono all'agricoltura, coltivando soprattutto cereali (farro, miglio e avena) e ortaggi; nelle aree paludose lungo le rive del fiume veniva praticato anche l'allevamento di bovini.
Nel periodo dal V al III millennio a.C. si evidenziarono alcune differenze fra il Nord e il Sud del paese: infatti nella zona del delta del Nilo (Basso Egitto) la grande fertilità dei terreni consentiva di disporre di eccedenze di prodotti che alimentavano il commercio, anche per mare, con i popoli limitrofi; a sud (Alto Egitto) il terreno meno fertile costringeva invece le popolazioni a compiere razzie nelle zone circostanti.
La parte finale della preistoria (età predinastica, terminata con l'unificazione dell'Egitto sotto un solo re) viene comunque divisa – in base a ritrovamenti di ceramiche in tombe del IV millennio – in tre periodi, ognuno dei quali prende nome dal luogo di ritrovamento dei reperti archeologici: Badariano, Amraziano e Gerziano (vedi Cultura di Naqada). Mentre la cultura badariana e quella amraziana (che è uno sviluppo della prima) si diffusero nell'Alto Egitto, la cultura gerziana (3600-3100 a.C.) ebbe diffusione più ampia, essendo attestata dalla Nubia alla zona del delta. Durante quest'ultima fase, si evidenziarono anche notevoli cambiamenti nella decorazione della ceramica: secondo alcuni studiosi ci sarebbe stata una migrazione di popolazioni provenienti dal Vicino Oriente che avrebbero introdotto anche elementi semitici nella lingua egiziana, secondo altri invece questi elementi innovativi vennero importati solo grazie all'infittirsi degli scambi commerciali con i popoli orientali.