I sovrani della XIII dinastia – circa cinquanta, che regnarono nel corso di centoventi anni – furono più deboli dei loro predecessori, pur riuscendo a mantenere il controllo della Nubia e a gestire un'amministrazione centralizzata. Negli ultimi anni dovettero competere con i sovrani rivali della XIV dinastia, che avevano acquisito il controllo della regione del delta, e contrastare le invasioni degli hyksos, popolazione semitica proveniente dall'Asia occidentale.
Gli hyksos si erano stanziati, già alla fine della XIII dinastia, nella zona del delta del Nilo dove, approfittando del clima di anarchia che si andava creando, vivevano di razzie. Quando nel Vicino Oriente crebbe la pressione delle popolazioni indoeuropee (ittiti, cassiti e hurriti), la penetrazione degli hyksos si fece più intensa e, data la mancanza di un solido potere centrale, gli invasori riuscirono a impadronirsi del paese; dapprima occuparono la zona del delta e la città di Avari, ove costituirono uno stato autonomo, poi riuscirono in una cinquantina d'anni a estendere il loro dominio fino a Menfi. La conquista fu abbastanza facile, anche perché gli hyksos utilizzavano il carro da combattimento trascinato da cavalli, che era sconosciuto agli egizi.
Il costituirsi di una dinastia hyksos segnò l'inizio del secondo periodo intermedio (durato circa 205 anni), caratterizzato da instabilità e da mancanza di unità politica. Gli hyksos della XV dinastia governarono dalla capitale Avari, nel delta orientale, mantenendo il controllo delle regioni centrali e settentrionali del paese; essi adottarono le titolature e le usanze egiziane e mantennero negli alti gradi della burocrazia funzionari egizi.
Contemporaneamente, sorse nel Medio Egitto la XVI dinastia, molto probabilmente asservita agli hyksos. Maggiore indipendenza fu esercitata nel sud da un terzo centro di potere, sede della XVII dinastia tebana, che regnava sul territorio compreso tra Elefantina e Abido; già il re tebano Kamose (1576-1570 ca. a.C.) della XVII dinastia, combatté con successo contro gli hyksos, ma fu suo fratello Amosi I che riunificò il paese sconfiggendoli, distruggendo la loro capitale Avari e costringendoli a rifugiarsi nella Bassa Palestina. Gli hyksos, durante il periodo in cui dominarono in Egitto, introdussero alcune importanti innovazioni, come il telaio verticale, la coltura dell'olivo, la lavorazione del bronzo e, nel campo militare, l'uso di nuove armi e del carro da combattimento.