Periodo che va dalla dominazione romana all' islamizzazione (30 A.C. - 642 D.C.)
Dopo la morte di Cesare (44 a.C.), Cleopatra si alleò con Marco Antonio senza riuscire tuttavia a porre fine al declino del suo regno. Con la sconfitta della flotta di Marco Antonio e Cleopatra ad opera di Ottaviano (il futuro imperatore Augusto) ad Azio nel 31 a.C. e la morte di Cleopatra nel 30 a.C., l'Egitto divenne parte dell'Impero Romano.
Il glorioso "impero egizio" fu però considerato possesso privato dell'imperatore, che lo governava attraverso un suo diretto rappresentante appartenente all'ordine equestre, detto praefectus Aegypti, a capo di una struttura amministrativa e burocratica che ricalcava quella tolemaica.
Unico breve intervallo nella lunga dominazione romana fu il passaggio del regno, nel III secolo, sotto il controllo della regina Zenobia di Palmira. Nel 212, inoltre, per opera della Constitutio antoniniana dell'imperatore Caracalla, gli egiziani, come tutti gli altri sudditi dell'impero, ottennero la cittadinanza romana. Con la riforma amministrativa di Diocleziano, l'Egitto entrò a far parte della diocesi d'Oriente.
Sotto la dominazione romana la regione visse un periodo relativamente pacifico; il confine meridionale ad Assuan fu solo di rado attaccato dagli etiopi. La popolazione comprendeva gruppi numerosi di greci, di ebrei e di altre etnie provenienti dall'Asia Minore e, per influenza delle lingue greca e semitica, in questo periodo si sviluppò la lingua copta. Alessandria, che giunse a contare anche trecentomila abitanti, rimase la capitale dell'Egitto, come lo era stata sotto i Tolomei, e una delle più grandi città dell'impero romano, centro di un prospero commercio tra l'India, la penisola arabica e il Mediterraneo.
L'Egitto divenne un punto cardine nell'economia dell'impero, non solo grazie al raccolto annuale di grano, ma anche alle forniture di vetro, metalli e di altri prodotti dell'artigianato; i commercianti introdussero a Roma spezie, profumi, pietre preziose e metalli rari provenienti dai porti del Mar Rosso. Per assicurarsi l'appoggio della popolazione locale e della potente casta sacerdotale, gli imperatori romani mantennero le antiche tradizioni religiose (tanto che i culti di Iside e di Serapide si diffusero in tutto il mondo romano, così come altri aspetti della mitologia egizia), e completarono o abbellirono i templi iniziati sotto i Tolomei (ancora visibili sono quelli di Isna, Kawn Umbu, Dandara e Philae).
L'Egitto fu inoltre un importante centro delle prime comunità cristiane; la locale Chiesa copta, che aderì al monofisismo, si separò dalla Chiesa di Roma nel V secolo. Alla caduta dell'impero romano d'Occidente (476), l'Egitto divenne possedimento dell'impero bizantino; nel 616 fu invaso dai persiani e nel 642 dagli arabi, che vi introdussero la religione islamica, aprendo un nuovo capitolo nella storia dell'Egitto.