La cosiddetta bassa epoca comprende i regni delle dinastie dalla XXI alla XXXVI. Fra l'XI e l'VIII secolo a.C. l'Egitto conobbe un periodo di decadenza sia economica sia politica e, pur continuando a svolgere un ruolo importante nel bacino del Mediterraneo, perse la sua egemonia sui paesi vicini. La Nubia, approfittando della situazione di crisi, si ribellò e divenne indipendente; anche la Libia e la Siria uscirono del tutto dalla sfera di influenza egiziana.
I sovrani delle prime quattro dinastie, che elessero a capitale del regno Tanis, nel nord del paese, dovettero inoltre continuamente competere con i sacerdoti di Tebe, che detenevano di fatto il potere nell'Alto Egitto. Sembra anche che i sovrani della XXI dinastia avessero origini libiche e che libici fossero i primi sovrani della XXII dinastia, il più importante dei quali fu Sheshonq, che riuscì a invadere la Palestina e a saccheggiare Gerusalemme (930 ca. a.C.).
Verso il 750 a.C. l’Alto Egitto fu conquistato dal regno di Kush, che ne conservò il dominio per meno di un secolo. Il progressivo indebolimento dello stato espose infatti l'Egitto alla minaccia degli assiri, che nel 671 a.C., guidati dal loro re Asarhaddon, occuparono Menfi. Nel 667 a.C. Assurbanipal, figlio di Asarhaddon, ridusse l'Egitto a protettorato assiro. Tuttavia anche per l'impero assiro iniziò un periodo di crisi, di cui seppe approfittare Psammetico I, principe di Sais, che era vassallo del re assiro.
Psammetico I, fondatore della XXVI dinastia, nel 663 a.C. restaurò l'unità del regno, servendosi anche dell'aiuto di mercenari cari e ioni, forse inviati da Gige, re della Lidia. Il faraone trasferì la capitale del regno a Sais sul delta, fece spedizioni in Nubia e contro gli assiri; favorì inoltre la rinascita culturale della civiltà egizia, aprendosi anche a contatti che diverranno sempre più frequenti con la civiltà greca. Gli successe il figlio Neco, che riprese l'espansione asiatica vincendo Giosia, re di Giuda, nel 609 a.C. nella battaglia di Megiddo; fu invece sconfitto da Nabucodonosor II nel 605 a.C. nella battaglia di Karkemish.
I suoi successori, Psammetico II, Apries e Amasis non fecero spedizioni militari, ma intensificarono i rapporti con il mondo greco: mercenari greci infatti accompagnarono Psammetico II in una spedizione in Nubia, come testimoniano i loro nomi impressi su una gamba di una delle statue colossali di Ramesse II ad Abu Simbel. Importanti furono anche i rapporti commerciali con la Grecia, che spinsero alcuni greci a stabilirsi in Egitto, soprattutto a Naucrati, importante emporio commerciale nel delta. Amasis strinse anche alleanza con Policrate, tiranno di Samo, contro la Persia, loro comune nemico. Tuttavia il suo successore Psammetico III venne sconfitto nel 525 a.C. dal re persiano Cambise II e l'Egitto divenne una satrapia persiana, governata da un satrapo che risiedeva a Menfi.
I persiani si considerarono successori dei faraoni e costituirono la XXVII dinastia che regnò dal 525 al 404 a.C. (prima dominazione persiana). Scoppiarono anche alcune rivolte egiziane contro gli invasori persiani: la più importante fu quella capeggiata, alla metà del V secolo a.C., da Inaro, un libico aiutato dalla flotta ateniese. L'Egitto, approfittando della crisi dell'impero persiano, riuscì a riacquistare temporaneamente l'indipendenza sotto il regno di Artaserse II, e nel 404 a.C. con Amirteo (404-399 a.C.), che fu l'unico sovrano della XXVIII dinastia. Il regno rimase indipendente fino al 341 a.C., quando il re persiano Artaserse III Ochos sconfisse il faraone Nectanebo II. La seconda dominazione persiana fu però breve: Alessandro Magno vi pose infatti fine nel 332 a.C.